Amasya Üniversitesi Tıp Fakültesi 15/04/2011 tarih ve 27906 sayılı Resmi Gazetede Yayımlanan 2011/1595 tarihli Bakanlar Kurulu kararı ile 04/04/2011 tarihinde kurulmuştur. Dekanlık ve idari bölümler üniversite rektörlük binasında hizmete başlamış ve 02/08/2012 tarihinde "Sağlık Bakanlığına Bağlı Sağlık Tesisleri ve Üniversitelere Ait İlgili Birimlerin Birlikte Kullanımı ve İşbirliği Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik" gereğince Amasya Valiliği ile Sağlık Bakanlığına ait Amasya Sabuncuoğlu Şerefeddin Devlet Hastanesini birlikte kullanılması işbirliği protokolü imzalanmıştır.
Fakültemizde Cerrahi Tıp Bilimleri Bölümü, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü ve Temel Tıp Bilimleri Bölümü olmak üzere 3 bölüm bulunmaktadır. Akademik yapı tamamlandığında Cerrahi Tıp Bilimlerinde 13, Dahili Tıp Bilimlerinde 21 ve Temel Tıp Bilimlerinde 10 Anabilim Dalı ile faaliyet gösterecektir.